Очень понравились по этой теме две утилитки:

maven-coberture-plugin
EclEmma

Первая - очень удобна для анализа покрытия тестами всего приложения, вторая - удобна при написании тестов.
Cobertura
Подробнее узнать о данной утилите, можно на странице http://cobertura.sourceforge.net/.
Для того, чтобы произвести анализ покрытия тестами кода вашего приложения, pom.xml должны содержаться следующие строки:
<reporting>
<plugins>
[...]